Secondo la tradizione, il santuario ha origine nel 490, anno della prima apparizione dell’Arcangelo Michele sul Gargano.

Nel corso dei secoli, milioni di pellegrini si sono recati in visita a questo luogo di culto così antico. Tra di essi numerosi papi quali Gelasio I, Leone IX, Urbano II, Alessandro III, Gregorio X, Celestino V, Giovanni XXIII, Giovanni Paolo II, e sovrani come Ludovico II, Ottone III, Enrico II, Matilde di Canossa, Carlo d’Angiò, Alfonso d’Aragona, Ferdinando il Cattolico. Anche San Francesco d’Assisi si è recato in visita a san Michele Arcangelo, ma non sentendosi degno di entrare nella grotta, si è fermato in preghiera e raccoglimento all’ingresso, baciando la terra e incidendo su una pietra il segno di croce in forma di “T”.

La struttura del Santuario risulta essere costituita da un livello superiore e da uno inferiore. Al livello superiore sono presenti il portale romanico e il campanile.
Il livello inferiore comprende la grotta, alla quale si accede direttamente dalla scalinata angioina, il museo devozionale e le cripte.