La cripta di Santa Cristina o della Madonna dell Grazie, rappresenta la prima testimonianza della presenza del rito greco in Carpignano, interamente scavata nella roccia calcarenitica, la cripta risalente al X secolo, costituisce un importante esempio dell’arte bizantina del Salento e conserva gli affreschi più antichi di Puglia.

Entrando nell’ambiente più piccolo, dedicato secondo la tradizione a Santa Marina, si trova, di fronte alle scale d’ingresso, un altare settecentesco intitolato alla Madonna delle Grazie, nella cui nicchia ovale si conserva un affresco della Vergine col Bambino; si tratta di un’opera bizantina ritoccata più volte nel corso dei secoli. Accanto un arcosolio affrescato sul fondo con una piccola figura di Santa Cristina. Sulla parete laterale sono i resti affrescati di San Biagio e di Sant’Antonio Abate, mentre nella parte terminale della stessa parete, a sinistra della scala d’accesso, è rappresentata una figura femminile, della quale è leggibile solo il volto, identificata come Santa Marina, guaritrice dell’itterizia.

Nell’ambiente maggiore, dedicato a Santa Cristina, sulla parete biabsidata, sono affrescati i gruppi di figure più famosi della cripta, comunemente chiamati gruppo di Teofilatto e gruppo di Eustazio, dai nomi dei pittori che li dipinsero.